3月

1999年3月14日，基金委员会1999年度全体委员会在北方交通大学召开。程庆国、方惠坚、姚兵等出席会议。会议增聘常委：陈效达、赵喜明、唐美树；会议审议批准了1998年度奖励项目和获奖人员名单；审议批准了1999年度工作计划和经费预算。

4月

1999年4月10日，基金委员会第八届颁奖大会在江苏镇江举行。基金委员会领导张维、程庆国、方惠坚、姚兵等，江苏镇江市有关领导段绪申、方之焯、周大平、沙荣盛、解信鹏、黄选能、昌万海等出席了颁奖会。江苏省副省长金忠青接受邀请，担任基金委员会副主任。
1999年4月20日，基金委员会常务委员王兆熊同志逝世。

5月

1999年5月，四川省公路桥梁建设集团有限公司向基金委员会捐资5万元。

7月

1999年7月，经中国科协书记处批准，以中国科技发展基金会为主办单位，基金委员会为承办单位的茅以升科教培训中心被北京市海淀区教委审批成
立。

8月

1999年8月18日，基金委员会主任程庆国同志逝世。

12月

1999年12月14日，钱塘江大桥纪念馆开馆。至此形成了省级爱国主义基地。

基金委员会获“第一届国际科学与和平周活动荣誉奖”。

基金委员会在北京电报局开户，网址：[email protected]